La vegetació del Parc Natural del Cadí-Moixeró té un gran interès perquè les condicions físiques de baixes temperatures, altitud i elevat grau d'humitat possibiliten espècies que no són pròpies de l'àrea mediterrània, sinó del nord d'Europa o àrtiques, centreuropees o eurosiberianes i les pròpies d'altes muntanyes europees o alpines.

Les parts més altes, a partir dels 2.200 m., són cobertes de prats alpins integrats bàsicament per un bon nombre d'espècies de gramínies i d'altres plantes, com la bonica genciana alpina (Gentiana alpina). Més avall d'aquesta altitud trobem boscos de pi negre (Pinus uncinata). El sotabosc és pobre, integrat sobretot per matolls de ginebró (Juniperus nana) i de neret (Rhododendron ferrugineum), anomenat estabalart a la Cerdanya. A les parts més baixes d'aquests boscos i al vessant N de les serralades es troben boscos d'avets (Abies alba).

Una altra espècie forestal és el faig (Fagus sylvatica) i els roures (Quercus pubescens). Aquestes dues espècies caducilòfiles, acompanyades d'altres com els aurons (Acer campestre) o el trèmol (Populus tremula) es troben formant claps enmig de boscos de pi roig (Pinus sylvestris), espècie que forma majoritàriament els boscos de les zones baixes i mitjanes del parc, amb un sotabosc integrat bàsicament pel boix (Buxus sempervirens).

Però les comunitats vegetals més interessants sónpotser lesquecreixen a les tarteres,extensions de terreny al flanc de lescingleres on s'amunteguenpedres despreses dels cims; aquí, entre les pedres, les plantes s'han d'adaptar a la mancad'humitat, al corriment dels rocs i a les baixes temperatures. Una d'aquestes espècies, endèmica al sector oriental dels Pirineus i sens dubte una de les joies botàniques del parc, és el julivert d'isard (Xatardia scabra). Als llocs més humits dels cingles creix una planta relicta de les glaciacions, anomenada l'orella d'ós (Ramonda myconi).